扩散模型与分子动力学在蛋白质–配体构象采样中的物理一致性研究
- 以 David Baker 课题组开发的 PLACER 扩散模型为主要示例,在蛋白质–配体复合物构象系综生成任务中,与传统分子动力学模拟得到的构象系综进行系统对比
- 以从头设计的血红素结合蛋白 dnHEM1(PDB 8C3W)与 HEME 配体复合物为模型体系
- 建立了从经典分子动力学模拟、靶向增强采样、自由能重构到多维构象系综定量比较的完整计算分析管线
- 验证扩散模型构象系综的物理合理性,寻求采样过程的动态物理真实性,并检验其对采样空间的拓展能力